NYAI SALAMAH SAWALUDIN Pengarang Yulianus Linggi Dosen Pembimbing 1 SULEMAN Dosen Pembimbing 2 Nicodemus Dahoklory Penguji 2 Yulianus Linggi Ketua Penguji SULEMAN Penguji 1

Ikan gabus (Channa striata) merupakan spesies bernilai ekonomis tinggi yang banyak dimanfaatkan dalam akuakultur. Namun, populasi alaminya menurun akibat eksploitasi dan degradasi habitat. Identifikasi ikan gabus secara morfologis memiliki kelemahan karena kemiripan bentuk antarspesies yang sering menyebabkan kesalahan identifikasi. Oleh karena itu, pendekatan molekuler seperti DNA barcoding berbasis gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dianggap lebih akurat untuk mengidentifikasi spesies dan menganalisis hubungan filogenetiknya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter genetik dan kekerabatan ikan gabus dari Sungai Tarus, Kab. Kupang dengan populasi ikan gabus dari beberapa daerah, yang hingga kini belum banyak dikaji secara molekuler. Penelitian dilaksanakan pada bulan September hingga Desember 2024. Sampel ikan gabus dikoleksi dari tiga lokasi di Sungai Tarus, Kabupaten Kupang. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode Chelex 10%. Amplifikasi DNA dilakukan melalui PCR dengan primer universal FISH F1 dan FISH R1 yang menargetkan gen COI. Produk PCR kemudian diverifikasi menggunakan elektroforesis gel agarosa. Sampel yang berhasil diamplifikasi disekuens menggunakan metode Sanger di laboratorium Genetika Science. Hasil sekuens dianalisis menggunakan software MEGA XI untuk alignment, BLAST terhadap GenBank NCBI untuk identifikasi spesies, dan analisis filogenetik dilakukan dengan metode Neighbor-Joining menggunakan model Tamura-Nei dengan uji bootstrap 1.000 kali. Hasil ekstraksi DNA dan amplifikasi dengan gen COI menunjukkan keberhasilan amplifikasi dengan pita DNA berukuran ±650 bp. Hasil sekuensing tiga sampel dari Sungai Tarus Kab. Kupang menunjukkan kesamaan 100% dengan Channa striata dalam database GenBank. Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining menunjukkan bahwa ikan gabus dari Sungai Tarus Kab. Kupang memiliki kekerabatan genetik yang sangat dekat dengan ikan gabus dari Kalimantan Tengah, Papua, dan Sulawesi Selatan, sedangkan ikan gabus dari Lampung berada pada cabang filogenetik yang menunjukkan jarak kekerabatan lebih jauh. Jarak genetik mendukung hasil ini, dimana nilai genetik rendah menunjukkan kekerabatan dekat dan nilai genetik tinggi menunjukkan perbedaan genetik yang signifikan. Penelitian ini menegaskan bahwa pendekatan molekuler efektif dalam mengidentifikasi spesies dan memahami hubungan evolusioner ikan gabus di berbagai wilayah Indonesia. Kata kunci : Channa striata, DNA barcoding, Filogenetik, PCR