Skripsi
Analisis Filogenik dan Patogenesis Classical Swine Fever Virus (CSFV) pada Babi Secara Molekuler di Indonesia
- Bagikan:
Classical Swine Fever (CSF) merupakan penyakit yang sangat menular pada babi yang disebabkan oleh virus CSF dengan morbiditas dan mortalitas sehingga menimbulkan kerugian ekonomi yang signifikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kekerabatan genetik virus CSF yang ada di Indonesia dan dunia dan untuk meninjau imunopatologi respon tubuh terhadap virus pada tingkat molekuler. Sebanyak 47 sekuens nukleotida protein E2 CSFV yang tersedia di GeneBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) digunakan untuk merekonstruksi pohon filogenetik. Sekuens nukleotida terlebih dahulu disejajarkan (aligning) dan dipangkas (trimed) sepanjang sekuens protein E2 CSFV (1119 bp) menggunakan metode clustal-w pada software Bioedit. Kemudian pohon filogenetik direkonstruksi menggunakan metode maximum likelihood dalam software MEGA-X. Dalam penggambaran patogenesis molekuler kata kunci, seperti CSF, CSFV, dan patogenesis molekuler CSF diterapkan menggunakan mesin pencari data seperti Google Scholar dan PubMed untuk menemukan semua data. Mekanismenya divisualisasikan dalam bentuk gambar menggunakan aplikasi BioRender. Hasil penelitian ini menunjukan bahwa 2 sekuens strain virus CSFV asal negara Indonesia memiliki kedekatan genetik dengan genotipe 1.1 yang berasal dari Cina dan genotipe 2.2 yang berasal dari Thailand. Infeksi CSFV memiliki tiga jalur untuk mempengaruhi imunitas bawaan dalam tubuh inang: 1) TLR-3, 2) TLR-7, dan 3) reseptor RIG-1 dan MDA-5. Muara ketiga jalur ini merangsang INF-tipe 1 dan III, yang akhirnya menghasilkan Interferon Stimulating Genes (ISGs). Kemudian terdapat beberapa protein dari virus CSF yang berperan dalam infeksi CSF yakni Protein NS4B dari CSFV menghambat ekspresi protein adaptor TRIF, dan protein Npro menghambat aksi IRF3 pada jalur pensinyalan TLR-3, sehingga akan mempengaruhi produksi IFN. Pada jalur RIG-1 dan MDA5, protein Npro dan E2 masing-masing menghambat kerja IRF-7 dan NFkB dalam merangsang pembentukan IFN sebagai antivirus. Selanjutnya, protein E2 dapat menghambat STAT 1 sebagai mekanisme tubuh babi untuk memproduksi lebih banyak ISG. Ini adalah strategi virus untuk menghindari respons imun sehingga dapat terus bereplikasi. Berbeda dengan jalur TLR-3 dan RIG-1 & MDA5, protein NS5A merangsang adaptor MyD88 di jalur TLR-7 untuk merangsang pembentukan sitokin seperti IFN, sehingga terjadi "badai sitokin" di mana salah satu akibatnya kerusakan endotel yang menyebabkan perdarahan. Pengetahuan ini merupakan gerbang untuk pengembangan vaksin yang menargetkan gen virus atau interaksi virus dengan inangnya di tingkat molekuler.
Kata kunci : CSFV, Filogenetik, Patogenesis, Innnate immunity, Pattern Recognition Receptors, Sitokin, Interferon, Interferon stimulating gene.
Detail Information
| Item Type |
Skripsi
|
|---|---|
| Penulis |
Mario Faustin Bernard Roy - Personal Name
|
| Student ID |
1809010027
|
| Dosen Pembimbing |
PUTRI PANDARANGGA - 198308102010122003 - Dosen Pembimbing 1
ELISABET TANGKONDA - 198309202009122001 - Dosen Pembimbing 2 |
| Penguji |
Yeremia Yobelano Sitompul - 199204172019031014 - Ketua Penguji
|
| Kode Prodi PDDIKTI |
54261
|
| Edisi |
Published
|
| Departement |
Kedokteran Hewan
|
| Kontributor | |
| Bahasa |
Indonesia
|
| Penerbit | UPT Perpustakaan Undana : kupang,., 2023 |
| Edisi |
Published
|
| Subyek | |
| No Panggil |
542.61 Roy A
|
| Copyright |
Individu Penulis
|
| Doi |